在不久的将来的日本,在一个叫“疏濑”的城市里,市民们过着普通的生活。然而,在城市的一个角落里,一座由医疗机器厂建造的看起来像铁一样的工厂矗立在山丘之上。在每天的固定时间,那家工厂排放出大量的蒸汽,就好像什么东西刚刚被熨烫过一样。六年级小学生智太,和真见美女的高中女生智太的女朋友,一起在河边消磨时光。本该是平凡的一天,却以蜜蜂女——睛子撞上智太的传奇电车而告终。直头上长了奇怪的角!而紫晶实际上成了郅他家的仆人,进入了郅他家。子眼中的秘密和她嘴里经常念叨的“FLCL”的含义,极大地改变了脑泰的人生。